Шамсуддинхон Бобохонов был известен своей работой в области исламских наук, в том числе теологии, философии и истории. Он также был активным защитником прав человека и демократических ценностей в Узбекистане. В 1992 году он был избран членом парламента Узбекистана, где он выступал в защиту свободы вероисповедания и прав человека.